Παρατηρείται συχνά πως η ύπαρξη οφειλών προς το Δημόσιο ή ακόμη και προς τρίτους (π.χ. τραπεζικά ιδρύματα) αποτρέπει τις επιχειρήσεις από την συμμετοχή τους σε προγράμματα κρατικών ενισχύσεων είτε αυτά χρηματοδοτούνται από το ΕΣΠΑ, είτε από εθνικούς πόρους ή από άλλες πηγές.
Η αλήθεια είναι πως δεν υπάρχει γενικός κανόνας αποκλεισμού των επιχειρήσεων με οφειλές από τα προγράμματα με τα οποία παρέχεται κρατική ενίσχυση με τη μορφή επιχορήγησης, εκτός και αν ο αποκλεισμός προβλέπεται ρητά στις βασικές προϋποθέσεις ένταξης του εκάστοτε προγράμματος. Καθώς κάθε πρόγραμμα που προκηρύσσεται έχει συγκεκριμένους ανά περίπτωση όρους και προϋποθέσεις, είναι πιθανόν ορισμένα από αυτά τα προγράμματα να απαιτούν η επιχείρηση να είναι ελεύθερη από χρέη προτού υποβάλει αίτηση υπαγωγής. Ωστόσο, γενική και καθολική εξαίρεση επιχειρήσεων με οφειλές δεν υφίσταται.
Ειδικότερα πρέπει να σημειωθεί το εξής: εάν επιχείρηση με χρέη προς το δημόσιο και συγκεκριμένα προς την εφορία ή/και τα ασφαλιστικά ταμεία, αιτηθεί επιχορήγησης και εγκριθεί, τότε υπάρχει πιθανότητα η επιχορήγηση να εκχωρηθεί στον αρμόδιο φορέα (ΔΟΥ, ΕΦΚΑ) για εξόφληση του χρέους. Αυτό εξαρτάται από το αν απαιτείται από το πρόγραμμα η προσκόμιση φορολογικής και ασφαλιστικής ενημερότητας κατά το στάδιο εκταμίευσης του ποσού επιδότησης.
Δεν ισχύει το ίδιο για επιχειρήσεις με οφειλές προς τρίτους, ιδιώτες ή ακόμη και τραπεζικά ιδρύματα, καθώς δεν λαμβάνει χώρα καμία εκχώρηση χρέους ούτε προσκόμιση δικαιολογητικών περί ύπαρξης ή μη οφειλών. Μοναδική απαραίτητη προϋπόθεση για να γίνει η εκταμίευση είναι να μην είναι δεσμευμένος ο λογαριασμός του δικαιούχου – οφειλέτη, ώστε να μπορέσει να εισπράξει το ποσό της επιχορήγησης.
Αντίθετα, εξαιρούνται πάντα από τα προγράμματα οι επιχειρήσεις που έχουν χαρακτηριστεί προβληματικές από την Ευρωπαϊκή Νομοθεσία. Προβληματική είναι η επιχείρηση η οποία δεν είναι ικανή να ανακόψει τη ζημιογόνο πορεία της με δικούς της οικονομικούς πόρους ή με πόρους που εξασφαλίζει από τους ιδιοκτήτες, μετόχους ή/και πιστωτές της. Μια τέτοια επιχείρηση χωρίς εξωτερική παρέμβαση από το κράτος, θα οδηγηθεί προς μια σχεδόν βέβαιη οικονομική εξαφάνιση βραχυπρόθεσμα ή μεσοπρόθεσμα.